SYBR Green II 染料是高灵敏度的RNA染料，用于电泳分析RNA。只要100pg RNA或者单链DNA都可以用SYBR Green II RNA染料电泳分析，或者用254nm紫外光分析琼脂糖或者聚丙烯酰胺胶，即使用300nm也可以检测到500pg的DNA. SYBR Green II RNA染料灵敏度高于EB染色法，大部分都是使用这种方法来分析胶中的核酸。通过用300nm橙色滤光，EB的灵敏度只限于检测1.5ng单链核苷酸的小型胶。

     在变性琼脂糖/甲醛胶盒聚丙烯酰胺/尿素胶，SYBR Green II RNA染料的灵敏度会稍微降低，但仍高于EB方法。用EB方法获得高灵敏度，需要耗费几个小时染色，相比之下，SYBR Green II RNA染料无须长时间染色步骤就可以用254nm检测到1ngRNA，并且300nm即可以检测到4ngRNA。

     SYBR Green II RNA染料检测RNA的显著灵敏度可归于多种因素，包括较高的荧光范围，结合的亲合力和荧光强度。即使对RNA不是具有选择性的，当结合RNA时，这种染料比结合双链DNA显示出更高的荧光范围，这一特征在核酸染料种是比较不寻常的，SYBR Green II RNA染料大激发波长在497nm处，次激发波长在245nm附近。发射波长在520nm处产生。可使用多种成像设备观测。