几种核酸染料的比较

1、EB（溴化乙锭）

溴化乙锭是一种高度灵敏的嵌入性荧光染色剂，为强致癌诱变剂，但价格便宜。它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。EB的这种特性使其成为一种核酸染料，常用于琼脂糖凝胶电泳中的核酸染色。溴化乙锭在紫外区302nm和366nm处有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙锭可被激发出橙红色的荧光（590nm）。结合有DNA的溴化乙锭复合物的荧光强度要比没有结合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙锭可检测到少至10ng的DNA条带，非常灵敏。

2、Gel Green和Gel Red

由Biotium公司研发推出的EB替代染料，染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬灭，可以用于胶回收。但价格较贵。

GelRed 和 GelGreen 是两种集高灵敏、低毒性和超稳定性于一身的荧光核酸凝胶染色试剂。其水溶染色剂通过美国环保局安全认定，废弃物可直接倒入下水道，而不会造成任何环境污染。其特点有：

1）高灵敏度：GelRed 和 GelGreen 是目前市场中非常灵敏的凝胶核酸染料之一；

2）稳定性非常好：可以使用微波炉加热，可以在室温下保存；

3）更安全：艾姆斯氏试验结果表明，该染料的诱变性远小于溴化乙锭（EB）；

4）广泛的适应性：适用于预制凝胶和凝胶电泳后染色；

5）染色过程简单：与EB一样，在预制胶和电泳过程中不必担心染料降解；而电泳后染色过程也只需30分钟且无需脱色或冲洗；

6）对 DNA 和 RNA 的迁移影响小：对核酸迁移的影响小于 SYBR Green I?；

7）与标准凝胶成像系统以及可见光激发的凝胶观察装置兼容：使用 312nm 激发的 UV 凝胶成像系统时，GelRed 可以替代EB；使用 254nm 激发的 UV 凝胶成像系统或可见光激发的凝胶观察装置时，GelGreen 足以替代任意一种 SYB染料。但该染料会使小片段DNA迁移慢一些（与EB相比).

3、绿色荧光核酸染料

绿色荧光核酸染料对于大片段DNA的染色效果良好，但是在对于500bp以下的片段效果不是很好，还有一个很致命的弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭，一般5-10min条带就会消失。另外绿色荧光核酸染料不适用于胶回收。

4、SYBR Green 和SYBR Gold

稳定性差，也有毒性。它属于花箐素类核酸染料，花箐类染料不是无毒的，而只是低毒的，电泳级别的是经过修饰的，修饰有三种：1.加入卤素或氰基。2.插入环羟基。3.加入稳定剂。SYBR Green I是高灵敏的DNA荧光染料，适用于各种电泳分析，操作简单：无须脱色或冲洗。至少可检出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。SYBR Green I 与dsDNA 结合荧光信号会增强800-1000倍，用SYBR Green I染色的凝胶样品荧光信号强，背景信号低。SYBR Green和SYBR Gold相对于EB的稳定性要差很多。SYBR系列的染料也能进入细胞染色线粒体以及核内的DNA，从而产生危害。SYBR Green I已被证实在紫外光下将会产生强诱变能力，使DNA或其他物质发生突变。

几种核酸染料的比较

染料                     安全性      稳定性       灵敏      优点                    缺点

EB                          --             +             ++       廉价                   强诱变剂

Gel Green                +             +             ++       安全                   价格高

绿色荧光核酸染料     -              -               +        大片段染色良好     易淬灭

SYBR Green              -              -             ++      灵敏                    稳定性差